Es la casa colonial donde los patriotas se reunían para organizar la revolución de la Independencia. Fue construida en 1772 para residencia de los hermanos Martínez Saenz, quienes heredaron el predio de su padre don Antonio Martínez Saénz y doña Petrona Caballero Bazán, tía del prócer capitán Pedro Juan Caballero. Posteriormente fue casa de don Pedro Pablo Martínez Sáenz y su esposa doña Nicolasa Marín. En el año 1811 vivía con ellos una hermana de la propietaria quien formó pareja con el Tte. Mariano Recalde. En las reuniones informales se comentaban los últimos sucesos  políticos ocurridos ya sea en Buenos Aires como en Europa. Entre los jóvenes que asistían estaba el comandante Fulgencio Yegros, interesado en la joven Josefa Speratti, que vivía en la casa, ya que uno de los Martínez Sáenz estaba casado con su hermana Carmelita Speratti.

Asistían asimismo los capitanes Pedro Juan Caballero, Juan Bautista Rivarola, Mauricio José Troche, Antonio Tomás Yegros y el Alférez Vicente Ignacio Iturbe, los clérigos Francisco Javier Bogarín, José Agustín Molas y Fernando Caballero y los doctores Pedro Vicente Cañete, Mariano Antonio Molas y Fernando de la Mora. Todos eran hijos privilegiados miembros de la sociedad asuncena.

El doctor Gaspar Rodríguez de Francia, era miembro del equipo independentista.

El callejón histórico era un sitio por el cual corría un angosto curso de agua por cuya orilla se transitaba y a donde iban las lavanderas de los alrededores.

La sociedad asuncena de entonces estaba constituida por comerciantes extranjeros que llegaron a fines del siglo XVIII que prosperaron y que recibieron cargos administrativos en el gobierno.  Estos inmigrantes contrajeron matrimonio con hijas de las familias tradicionales y las antiguas familias desplazadas de Asunción se dedicaron a sus estancias teniendo el control de la producción agroganadera.

Un día como hoy, 12 de mayo de 1811, los patriotas evaluaban adelantar la fecha del golpe, debido a la llegada el 9 de mayo del teniente de dragones José de Abreu, quien se reunía con el gobernador español Velazco. Ese hecho precipitó los acontecimientos.

El museo de la Casa de la Independencia fue inaugurado el 14 de mayo de 1965. En 1961, cuando la casa estaba a punto de ser demolida la voz de alerta y llamada de atención de  Juan Bautista Gill Aguinaga, hizo que las autoridades intervinieran y se promueva su restauración.

La casa de La Independencia es la joya patrimonial de Asunción y del Paraguay.